五军都督府和兵部都听命于皇帝，五军都督府调有统兵权而无调兵权，兵部拥有调兵权而无统兵权。五军都督府和兵部相互节制互不统属。每逢战事发生﹐由皇帝命将为帅﹐调领五军都督府所辖卫所之兵佩印出征。军还即归印于朝﹐兵回卫所。
值得一提的是，自从“土木堡之变”发生后，大批五军都督府的都督在战场阵亡。时任兵部尚书的于谦为了便宜行事，将原先由五军都督府对军队的管理权和指挥权都划归兵部。而此后则不肯归还，自此，五军都督府的权力被极大削弱。
此时五军都督府还有参政议政，规划作战的权利。但是随着文官的权利越来越大，五军都督府连仅有的权利都失去了，由“总内外诸军事”的中枢机构变成处处受制于兵部的单纯执行命令的机构，从此大明变得和大宋一样，打仗由完全不懂军事的文官说了算了！
而万历帝虽然没去过海边，但是他也知道大明海岸线漫长。所以即使大明不重视水师，但是也有南北两只舰队专门负责海上作战，而且规模不小。尤其这些水师刚经过抗倭战争不久，还没有破败下去，具有相当的战斗力！
若是真的按刘昊嘉的要求设置海军都督府，这个都督的权力必然无比巨大！所以万历帝已经认定他是在狮子大开口，这让他感觉非常的不快！
尤其是刘昊嘉的第二个要求更让他不开心！若说是刘昊嘉因牛痘封爵还说的过去，毕竟牛痘能够活人无数，封爵绝不为过！但是刘昊嘉素要封地他就觉得有些过分了！
因为到现在为止，大明这么多勋贵被册封，但是基本上都是虚封！也就是说，虽然某个勋贵被宣布某处是他的封地，食邑多少户，但是这只是纸面上的东西，他只是享受相应的俸禄而已。
所以万历帝正想着如何打消刘昊嘉的想法，同时还不伤两人情分的时候，只见刘昊嘉说道：“万岁爷是不是觉得臣狮子大开口了？不过请容臣慢慢跟您说，您就知道臣的真正意图了！”
万历帝努力让自己的脸上不显出生气的样子，但城府不深的他还是在称呼上暴露出了某些心中的想法！只听他说道：“刘卿家，你尽管讲来！”
刘昊嘉听到刘卿家三个字，眼角下意识的跳了跳！不过瞬间他就将这个问题抛去脑后，缓缓的说道：“万岁爷，要知道这海军也是军！虽然说他们是在海中打仗的，但也不是不能登上陆地啊！若是由臣父掌握海军，就等于陛下在外有了一只可海可陆的军队，只要我们……”
再随后的半个时辰时间里，刘昊嘉滔滔不绝的讲述着自己的计划。而万历帝两个人的表情由平静到惊讶，再到不可思议乃至欣喜若狂，如同川剧的变脸一般！
就在刘昊嘉说完，抓起冷透了的茶水往嘴里灌的时候，万历帝一拍桌子大声说道：“刘爱卿果然厉害，这种主意你都想得出来！朕准了！”
就连张嘉也跟着说道：“刘大人的想法真是天马行空一般！咱家真真是比不得！”
三人说笑了几句之后又谈回正题，再详细了解了一些细节后万历帝说道：“刘爱卿，还有什么要做的，你一并说出来！”
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